ובמשכני עליון (ד' קע"א) כתב: וגובה הבית מאה אמה. ואף על פי שלא הזכירו הנביא יחזקאל, אלא סתם (מ"א ח'): "וראיתי לבית גובה", כי כן הגובה באורך וברוחב על כן לא פירשו. ואודיעך כאן סוד גדול, כי הבית הראשון לא כן היה, לא למעלה ולא למטה, כי גובה הבית ק"כ היה [דבה"י ב', ג' ד'], ועליה היתה עליו משלמת המספר [ציור 226]. אבל כאן לא נמצא גובה רק מאה, ואין עליו עליה. ותדע, כי שיעור מדה אחת היא מאה [ציור 227], ובהיות הבית הראשון נבנה על פי החכמה, על כן היו בו מאה אמות מן החכמה, וכ' אמות עודפים עליה ומאירים בה מן הכתר, וזה לתיקון היה לה, אך גם הבית עליה היה עליו, להראות את הכתר כ"ף, השורה על החכמה ומאיר בה, על כן לא נמצא שם מן הכתר רק עשרים אמה, והמאה – מן החכמה הם [ציור 226]. אך עתה לא נמצא עליה על הבית, כי הכתר מתנשא לכל לראש, וגובה הבית מאה, והם מאה מן הכתר. על כן נמצא, שיותר הם המאה האלה הרבה מאד, מכל המאה ועשרים הראשונים. והוא שאמר הכתוב (חגי ב' ט'): "גדול יהיה כבוד הבית הזה האחרון מן הראשון" וגו' [ציור 225] [ציור 227].

וגם בבית שני עשו מאה, שכך היה למעלה, ונתנבא על ידי [הנביא] יחזקאל, ואם לא ידעו זאת לא היו משתנים מהבית הראשון ועושים הגובה לפי דעת בלא סמך כלל, ע"כ דברי קדשו של הרמח"ל [ציור 228].
ובהערה 73 [להרב יוסף משה ספינר שליט"א] כתב: עליה – תוספת ביאור בענין העליה, וטעם שאין עליה בבית העתיד, מובא בספרו תקט"ו תפלות [תפלה שפ"ה]: "וחדרים חדרים עומדים למעלה מליאים רזים עליונים… אבל חדר אחד עומד למעלה מן הכל… שלא הגיעו שם ישראל אלא לעתיד לבא, ושם יחוד שלך מתגלה, ואותו פתחת לנו עתה במראה סתום לגלות לנו סודות שלו [סודות היחוד], וזה עליה על גבי אותם חדרים, כגון בית המקדש שהיה שם חדר ועליה, ושימוש (הזה) [היה] בחדר ולא בעליה. ולעתיד לבא הכל יהיה אחד [ר"ל החדר והעלייה יהיו באותה דרגה. והעליה יהיה נכלל בחדר, ועל כן אין עליה בבית העתיד], שהרי עליה זאת באותם החדרים שלמטה תתפשט. והכל סוד אחד יהיה, שנאמר בו: "והיה ה' למלך על כל הארץ ביום ההוא יהיה ה' אחד ושמו אחד". [ציור 227]

וכן כתב עוד במשכני עליון (דף קנ"ו): והעתיד, בסוד הראשית הנעלם שלא נגלה עדיין עד היום הזה. (ובדף קנ"ז): ונמצא שיהיה המקדש נבנה בסוד הכתר. (ובדף קפ"ב): וכבר ידעת כי כללות כל המדרגות הוא מאה, ע"כ.

וכן רחב החצר החיצונה משער לשער מאה אמה (פרק מ' פס' כ"ג, כ"ז) בצפון, במזרח, ובדרום, וכן אורך ורוחב החצר הפנימית מאה אמה (מ' מ"ז). וארבע הלשכות באורך מאה אמה (מ"ב פס' ח', י"א), ובמשכני עליון (דף קצ"ז פ"א מ"ז ומ"ח'). וחלוקת צורת הבית בגובה לקמן בהמשך.

לישב הקושיות על רש"י: הגמרא בבא בתרא (ג' ע"א) שואלת: ומנלן דהוה גבוה טפי [מנין שבית שני היה גבוה יותר מבית הראשון]?ומתרצת הגמרא שלומדים זאת מהפס' בחגי (ב' ט'): "גדול יהיה כבוד הבית הזה האחרון מן הראשון". רב ושמואל ואמרי לה ר' יוחנן ור"א, חד אמר בבנין, וחד אמר בשנים, ואיתא להא ואיתא להא. ופירש רש"י: בבנין – שהיה גבהו מאה אמות כדתנן במס' מדות (פ"ד מ"ו).

וכתב שם על רש"י הגהות הב"ח: נראה דזה הוא טעות, דהרי בית ראשון היה גבוה מאה ועשרים אמות, דהיינו תשעים אמות מעליה ראשונה, והבית גופיה שלושים אמות, א"כ מקדש ראשון גבוה יותר. וע"כ צ"ל ארבעים אמה וחשיב עד עליה, דראשון לא היה רק שלושים, והשני ארבעים.

וכן במסורת הש"ס כתב שם: עיין תוס' יו"ט (ריש פרק ה' דיומא ד"ה "לבין שני") דגרס ארבעים אמות, וכתב דנתחלף בין מ' למאה ע"ש, ע"כ. וכן אצלנו (בפס' ח') העיר התוס' יו"ט ב"צורת הבית" על רש"י שכתב שגובה הבית [השלישי] מאה אמה: וקשה, והרי בית ראשון כתוב עליו שגבהו מאה ועשרים אמה. לכן נראה לפרש גבהו בבית שני ארבעים אמה, כדתנן במידות (פ"ד מ"ו), והיכל של שלמה שלושים כמו שנתבאר, ע"כ.

ועל פי דברי משכני עליון הנ"ל שמאה האמה האמור על בית שלישי הם מאה מן הכתר, ועל כן נמצא שיותר הם המאה האלה הרבה מאוד מכל המאה והעשרים הראשונים, יתורצו הקושיות על רש"י בגמרא (ב"ב ג' ע"א) וכן כאן בפס' ח'. ובבית שני עשו גבהו מאה אמה עפ"י האמור ביחזקאל בבית שלישי, וכמו שכתב במשכני עליון (דף קע"א): וגם בבית שני עשו מאה, שכך היה למעלה, ונתנבא ע"י [הנביא] יחזקאל, ואם לא ידעו לא היו משתנים מהבית הראשון ע"כ.

ולמרות שדרגת הבית השני היתה פחותה מהבית הראשון, שכן לא שרתה שם רוח הקודש, בכל זאת עשו גבהו לפי בית שלישי. ועוד הרי הפס' "גדול יהיה כבוד הבית הזה האחרון מן הראשון" מדבר על בית שלישי בעיקרו, ורש"י פירש שם את הפס' על בית שני כדברי הגמרא (ב"ב ג' ע"ב) ובחידושי הריא"ף המובא בעין יעקב שם פירש: "הזה" – זהו הבית השני, "האחרון" – זהו הבית השלישי. ולפי הסבר משכני עליון, הבית השלישי יהיה יותר רוחני משום שהוא מן הכתר, והראשון היה מן החכמה, ואת הבית השני עשו עפ"י בית שלישי, שכך היה למעלה. ועיין "בעין יצחק" (להרה"ג יצחק יוסף בכללי רש"י ע"מ שנ"ו) שכתב: מלבד מה שרש"י ז"ל קיבל מרבותיו בתורת הנגלה, הוא גם קיבל מהם דברים נסתרים והיה בקי בקבלה. והשל"ה הקדוש במסכת שבועות (קפא) כתב, בכל דיבור ודיבור של רש"י יש בו נסתרים עניינים מופלאים עכ"ל. [ציור 228-226] 

וכעין זה תירץ המהר"ל מפראג (בקדושין ס"ט ע"ב) את הקושיה על דברי הגמרא שם שארץ ישראל גבוה מכל הארצות, והרי ישנם הרים הגבוהים מארץ ישראל, כגון הרי הגולן, והאלפים ועוד. ותירץ המהר"ל מפראג, שארץ ישראל גבוה ברוחני מכל הארצות. וכן תירץ שירושלים גבוה מכל ארץ ישראל ברוחני (זבחים נ"ד ע"ב) [והובא לעיל בפר' מ' פס' ב' בהערה טו, ועוד מס' תרוצים עיי"ש].

חלוקת צורת הבית לגובה: בית ראשון ושני היה להם עלייה שהיא כמין קומה ב', ועפ"י משכני עליון לעיל שבית שלישי אין לו עליה, הרי חלוקת הבית לגובה עפ"י מס' מדות (פ"ד מ"ו) היא אחרת מבית שני, לאחר שנוריד העלייה כפי שהיתה בבית שני ארבעים אמה, ותקרתה חמש אמות. *ועל כן אפשר שישאר גובה חלל הבית שמונים וחמש אמה. שכן במידות (פ"ד מ"ו) על בית שני שנינו: ההיכל מאה על מאה, על רום מאה, האטם [יסוד] – שש אמות, וגבהו – ארבעים אמה, אמה – כיור [ציור], ואמתיים – בית דלפה [קורות לחבור עם התקרה], ואמה – תקרה [נסרים], ואמה – מעזיבה [טיח], [סה"כ תקרה חמש אמות]. ועיין שם במפרשים, שכיור, בית דלפה, תקרה, ומעזיבה, ביחד הם התקרה של הבית בעובי חמש אמות. וכן פירש המאירי שם: ואמה כיור, רום הציורים והכיורים שהיו עושין בתקרה בשטח התחתון שלה הנראה מן ההיכל עכ"ל. וכהסבר משכני עליון (דף קס"ח) מדוע החומות [והתקרה] חמש ושש אמות. ובמדות שם בהמשך: גבהה של עליה – ארבעים אמה, ושוב חמש אמות – תקרה, ושלש אמות – מעקה, ואמה – כלה עורב, ר' יהודה אומר לא היה כלה עורב עולה מן המדה, אלא ארבע אמות היה מעקה, ע"כ. סה"כ מאה אמה. [ציור 228]

נוריד ארבעים אמה העלייה + חמש אמות התקרה [ציור 228], נשאר: שש אמות אוטם, חלל גובה ההיכל שמונים וחמש אמה, חמש אמות תקרה, שלוש אמות מעקה, ואמה כלה עורב [כאמור המדות של הבית עפ"י מס' מדות אם ידמו אליו בצורת האוטם, התקרה, מעקה וכלה עורב וה' יזכנו לדעת האמת] [ציור 227]. ולגבי כלה עורב ישנן מספר סברות, ועיין לעיל [בפרק מ"א פס' ד' בהערה 6 בסופה].